为了适应数学学科整体发展的需要，1995年北大决定在原有的数学系和概率统计系的基础上成立数学科学学院，由姜伯驹教授出任院长。一开始数学学院下设四个系：数学系、概率统计系、科学与工程计算系、信息科学系。1997年又新成立了金融数学系。

　　学院高度重视教学改革工作，不断研究学院的课程设置与教学内容的改革。与此同时，学院推行主干基础课课程主持人制度，并拨专款用于主干基础课的课程建设。由于全院教师员工的共同努力以及社会环境的改变，学院的专业越来越受到考生及考生家长的青睐，招生规模逐年扩大，录取分数稳步提高，同时研究生培养规模也逐年上升。1996年，北大数学学院获得按一级学科授予博士学位的资格，在评审中以较大优势在全国高校和科研院所名列数学类榜首。在2001年国家重点学科评选中，数学科学学院的基础数学、计算数学、应用数学三个专业以满票再次被评为重点学科，概率统计专业首次被评为重点学科。

　　1998年9月，张继平接任数学科学学院院长，继续进行了一系列结构和人事调整，出台了一批制度和措施。1999年北大启动“建设世界一流大学计划”，数学学院相应制定了建设世界一流学院的发展规划，获得数量较大的拨款，极大改善了办学与科研条件。2000年5月，数学科学学院告别沿用二十多年的一院旧址，迁入新竣工的理科一号楼。

　　华罗庚曾云：“宇宙之大，粒子之微，火箭之速，化工之巧，地球之变，生命之秘，日月之繁等各个方面，无处不有数学的重要贡献。”数学科学发展到今天，不仅成为物理、天文等自然科学的基础，计算机等高新技术的生长点，同时也广泛地渗透到金融、统计、经济等传统的社科领域。经过95年的风雨路程，北大数学学院已站在新的历史起点，面临更大的机遇与挑战，辉煌的成绩、历史的责任和对科学的追求，激励和鼓舞着数学学院的广大师生更加脚踏实地努力奋斗，向着世界一流的目标不断迈进。